Les Chevaliers, restés à Jérusalem jusqu'en 1187 ( approximativement un siècle), accomplissent de nombreuses actions de charité tout en brillant par leur courage dans les batailles.
Ils devront ensuite changer plusieurs fois de Siège. En 1292 ils obtiennent l’asile du prince de Lusignan en île de Chypre, où ils restent jusqu'en 1310, année au cours de laquelle ils se déplacent à l'île de Rode. Cette période représente l'une des plus brillantes de l’Ordre au plan de sa culture et son rayonnement politique, l'Ile de Rode doit à l'activité des Chevaliers la richesse de son architecture.
Le 18 décembre 1522, le Sultan Soliman le Magnifique, à la tête des ses troupes Turques, chasse les Chevaliers de Rode. Ils trouvent un premier abri en Candie, puis en Sicile et s’installent finalement à Rome, après s'être établis à Viterbe; c’est à cette époque qu’ils déplacent leur puissante flotte redoutée à Nice.
En 1530, sur l'intercession du pape Clément VII, qui était Chevalier et Prieur de l'Ordre à Capua, l'Empereur Charles V par décision portant son sceau datée du 24 mars, fait don des îles de Malte, de Gozo et du manoir de Tripoli aux Chevaliers, alors conduits par le 42° Grand Maître De L'Isle-Adam. Il place ces territoires sous la souveraineté de l'Ordre qui avait rejeté l'assaut des turcs, en échange d'un "faucon" symbolique à livrer chaque année au Roi de Sicile.
La souveraineté de l'Ordre était alors reconnue dans toutes les cours européennes, y compris par le Vatican (voir la bulle papale du 25 avril 1530), où des relations diplomatiques les plus actives étaient développées, incluant la présence et l’utilisation d’ambassadeurs.
L'Ordre ajoute à sa propre dénomination celle de 'Chevaliers de Malte', qui aujourd'hui est celle qui est généralement utilisée. Elle est souvent usurpée par d'autres organismes dont les origines remontent à des périodes récentes et qui ne peuvent ni se prévaloir ni se confondrent avec la présence des Chevaliers aux îles de Malte.
La puissance que l'Ordre a su conserver au cours des deux siècles suivants lui ont permis de recevoir des témoignages de reconnaissance et les honneurs les plus divers et les plus prestigieux au cours de ces périodes.
La "conquête" menée par Napoléon des îles de Malte, suite à la reddition sans opposition ni résistance du Grand Maître von Hompesch (12 juin 1798), ouvre une période de litiges et de conflits entre les Chevaliers de l’Ordre.
Les Chevaliers en grand nombre se rendront en Russie où, déjà à partir de janvier 1797, l'Ordre (document signé par son Altesse Impériale l'Empereur Czar Paul I et le Souverain Grand Maître de l'Ordre Prince Emmanuel Rohan de Polduc, ratifié le 26 août 1797 à Malte et le 29 novembre 1797 en Saint Petersburg) été reconnu "perpétuel" comme Etat Souverain par l'empire russe avec lequel il avait entrepris des relations diplomatiques et établi un Prieuré de Russie à Saint Petersburg, sous la protection du Czar Paul I.
Le 26 août 1798, à Saint Petersburg les Chevaliers du Grand Prieuré de Russie avec les Chevaliers d'autres Grands Prieurés ainsi que ceux de l'Ordre qui les ont rejoints se réunissent et déclarent officiellement (après vote) la destitution du Grand Maître Ferdinand Von Hompesch et se libèrent de l'obligation d'obéissance à son égard.
