Par le même document ils invitent les autres Grands Prieurés à s'associer à leur action, et d’entériner les décisions déjà prises concernant d'élection comme protecteur de l'Ordre de Son Altesse Impériale l'Empereur Czar Paul I.
Le 10 septembre 1798, Son Altesse Impériale reçoit les dignitaires qualifiés de l'Ordre à Saint Petersburg et proclame sa décision de maintenir l'Ordre de Saint Jean de Jérusalem dans l'intégrité et dignité de ses établissements, privilèges et honneurs. Le 3 octobre 1798 le Prieuré de Pologne s'associe par son vote au manifeste et le 23 octobre également le Prieuré d'Allemagne s'y associe.
Les Prieurés de Pologne et d'Allemagne acceptèrent la proclamation du 10 septembre 1798 et l'établissement du nouveau siège de l'Ordre à Saint Petersburg; alors que les Chevaliers français, dispersés par l'abolition des ordres n'ont pu s'y conformer et s’associés qu'individuellement.
Le 27 Octobre 1798, les Chevaliers présents à Saint Petersburg, conjointement aux Chevaliers du Grand Prieuré de Russie, du Prieuré d'Allemagne et du Prieuré de Pologne et également au nom des Chevaliers qui n'avaient pas pu s'y joindre, proclament et élisent Son Altesse Impériale l'Empereur Czar Paul I (à qui le pape Pie VI avait demandé de se porter caution du futur de l'Ordre et de le représenter sur toute l'Europe), le 70° Grand Maître de l'Ordre de Saint Jean de Jérusalem. Le 13 novembre de la même année Son Altesse Impérial l'Empereur Czar Paul I accepte cette nomination.
Le 21 novembre 1798, le Czar proclame l'institution, à Saint Petersburg, des Commanderies Héréditaires de l'Ordre en Russie, composées de deux Grands Prieurés (l’un catholique et l'autre orthodoxe), composées par 249 Chevaliers dans différentes classes, degrés, et nationalités (Ukase n. 19044).
Au cours de cette même période, Von Hompesch qui avait fui Malte, s'était réfugié à Trieste, suivi par seulement seize Chevaliers.
C'est à Trieste que le 6 juillet 1799 il devait cosigner l'acte d'abdication reconnaissant à l'Empereur, la dignité de 70° Grand Maître et les responsabilités du destin de l'Ordre.
La nomination du Czar trouve sa légitimité entre autre par l'acceptation de von Hompesch (bien que non nécessaire juridiquement), par l'approbation des Grands Prieurs ainsi que celle du chef de l'église catholique, Pape Pie VI (Bulle papale "Pastoralium nobis" du 10 juin 1799), qui l'avait précédemment soutenue (5 novembre 1798) afin de contrebalancer la puissance expansionniste de Napoléon; cette décision du Vatican exclue donc toutes les contestations qui pourraient être formulées sur la régularité de l'élection du Czar.
Au cours cette période l'Ordre a reçu d'autres témoignage de reconnaissance. En 1794 a été signé le Traité d'Alliance et de mutuelle reconnaissance avec les Etats-Unis, représentés par le futur Président Monroe.
Après la mort du Czar Paul I, son fils, Alexander I, a renouvelé et confirmé la protection de la Famille Impériale à l'Ordre. (le16 mars 1801: "... «étant désireux de d’apporter la preuve de notre bonne volonté et attachement à l'Ordre Souverain de Saint Jean de Jérusalem.... je ferai tout ce qui est dans mon pouvoir afin que l'Ordre soit maintenu dans ses droits, honneurs, privilèges et propriété...») sans pour autant assumer directement, pour des raisons politiques, la dignité de Grand Maître: il fait nommer le Feld-Maréchal Nicholas de Soltykoff Lieutenant Grand Maître (16 mars 1801), dans l’attente que les Chevaliers puissent retourner sur les îles de Malte, comme entre autre après le stipule le Traité d'Amiens du 27 mars 1802.
